本发明公开了一种基于深度采样的超声波水表流量计量方法、系统及装置，属于计量仪表技术领域。本发明通过前端采样系统，获取顺流、逆流方向采样序列，通过二次插值、余弦插值计算获得超声波绝对飞行时间、相对飞行时间，实现超声波水表流量计量，从而有效减小由于超声波换能器温度影响的零漂特性，保证更高的计量精度和更低的始动流量，从而提高流体流量测定的可靠性；另外，计算模型中应用无关超声波速度，可避免因温度传感器器件差异影响的批量生产一致性问题，提高生产效率，以及提高避免运行过程中误差一致性。