本发明公开了一种基于基因编码与突变的超长距光传输方法及系统，属于光传输技术领域，包括利用基因编码与突变技术，对物理层的原始比特数据进行一次加密，得到一次加密数据；将一次加密数据转换为正交频分复用信号，并对正交频分复用信号的符号矩阵进行索引置乱，进行符号域的二次加密，得到二次加密数据。本发明利用DNA序列配对与突变思想对系统物理层的原始数据进行一次加密，然后结合索引置乱对一次加密数据进行二次加密，提高加密复杂度，以提升系统的安全性能和防窃取能力。