本发明涉及一种筒形基础智能仿生冲刷防护结构及其应用方法，所述防护结构是由仿生单元连接而成；所述仿生单元的最上层为仿生草束，所述仿生草束的底端套装设置在集束管的内部，所述集束管通过绑定丝与纤维网层固定相连，所述纤维网层的两端通过捆定丝固定有连接环，相邻两块纤维网层之间通过连接环连接；所述仿生单元的底部设置有用于对整个防护结构进行固定的海床连接结构。通过采用上述的防护结构，其采用上中下三层，替代传统抛石、砂袋等硬性冲刷防护。