本发明公开了一种高效自清洁多点烟气轮测系统，包括高压水箱、切换控制箱、烟气分析仪和多组冲洗取样组件；每组冲洗取样组件包括取样连接管、冲洗连接管、取样电磁阀、冲洗电磁阀和取样支管；取样支管插入脱硝烟道中，其后端为Y形结构；取样支管的一个分叉部通过冲洗连接管与高压水箱连接，另一个分叉部通过取样连接管与切换控制箱连接；取样支管的与高压水箱连接的分叉部上设有冲洗电磁阀和压力传感器，另一个分叉部上设有取样电磁阀；压力传感器、取样电磁阀、冲洗电磁阀均与切换控制箱的控制系统电连接；切换控制箱与烟气分析仪连接。该系统可以实现自动轮测，并能对取样支管进行堵塞检测以及自动冲洗，降低了劳动强度，提高了测试效率。