本申请涉及一种模拟病原菌在土壤中扩散的设备及方法，其中包括模拟箱模块、调节模块、外界环境信息采集模块、土壤数据采集处理模块；所述模拟箱模块内设置有模拟箱体，所述模拟箱体分为若干层土壤层，且每层土壤层之间都通过渗透面板间隔，所述模拟箱体的底部设置有积水室，本发明通过模拟箱模块来模拟病原菌在土壤中的垂直方向、水平方向上的扩散情况，而且通过外界环境信息采集模块采集目标区域的环境信息，以最大的相似度来模拟目标区域的外界环境信息，从而建立扩散模型，进而从扩散模型中预测目标区域的病原菌的扩散程度，进而可以有效地计算出扩散到农作物处的时间点或者时间段，从而有效地防止病原菌侵染农作物。