本发明公开了一种多载波系统中载波串扰与偏振串扰联合补偿方法，通过采用三个自适应滤波器将相邻子载波进行频率移位得到的信号与同频率不同偏振的另一信号共同对原信号进行载波串扰补偿和偏振模色散补偿，并且滤波器的抽头系数随着信号的输入不断更新，通过每个滤波器不同的抽头系数比例对原信号进行恢复，可以很有效的消除原信号的频谱串扰和偏振模色散干扰。基于本发明提出的对载波间串扰和偏振模色散联合补偿方法，可以有效地提升发送信号的频谱效率，提高在光纤中传输的距离，有效地增大接收端的信噪比和减小误码率。在高速率高密集多载波的光纤传输系统中有重要的应用前景。