本发明属于纳米材料及其应用的技术领域，具体涉及一种具有强抑菌活性的纳米百里香酚及其制备方法和应用，其制备为：1)将大豆蛋白充分均匀地分散在水中，对得到的大豆蛋白分散液进行预处理，得到大豆蛋白溶液；2)将溶于无水乙醇的百里香酚溶液逐滴加入到大豆蛋白溶液中，充分混合搅拌，离心，将得到的分散液进行干燥处理，即得到纳米百里香酚产品。通过利用超声波处理或预热处理来定向调控大豆蛋白结构，利用大豆蛋白优越的纳米输送功能，使难溶的百里香酚通过疏水相互作用荷载于大豆蛋白纳米颗粒，最后将其直接干燥，制得复合型的纳米百里香酚产品，该产品具有水溶性好、荷载量大、稳定性高、抑菌活性强等优点。