本发明公开了一种锂电池均衡控制方法、系统及存储介质，方法包括：通过平均电压采集模块获取电池组的平均电压信号，将所述平均电压信号传输到转换模块中；通过所述转换模块将所述平均电压信号转换成方波信号传输到电压比较模块中；所述电压比较模块将所述电池组中每个单体电池的电压值与所述电池组的平均电压比较，判断所述电池组中任意单个电池的电压是否高于所述平均电压；若所述电池组中单个电池的电压高于所述平均电压，启动均衡模块对所述电池组进行充电，直至所有单个电池的电压等于所述平均电压。本发明减少了均衡的成本，减小了均衡系统的体积，提高了均衡的可靠性，能够对串联锂电池进行高效均衡，可广泛应用于电池均衡控制技术领域。