本发明提供一种鉴别新冠病毒变异株和野生株的检测试剂、反应体系及试剂盒和用途。该检测试剂能够在同一反应体系内快速鉴别新冠病毒变异株和野生株，该检测试剂包括第一探针和第二探针，且第一探针含有第一修饰核苷酸，第二探针含有第二修饰核苷酸，第一修饰核苷酸和第二修饰核苷酸分别对应于靶序列的同一位置。本发明的检测基于荧光PCR法，通过独特的检测试剂设计，采用荧光信号和Ct值直接判断待检样品中突变位点的情况，应用方便，灵敏度较高，能够有效地区分、检测和鉴定变异株和野生株新冠病毒样本。