本发明公开了一种多级干扰源定位方法及系统，将所有接收机采样到的信号传送到处理中心，进行傅里叶变换，计算每个接收机接收信号的平均功率，通过在不同范围的区域内随机产生干扰源位置，产生多组训练数据集，然后用来训练每组数据对应的FNN神经网络；将处理中心得到的接收机接收信号功率向量分别输入多个FNN神经网络，通过神经网络的输出缩小当前定位区域，直到当前定位区域范围小于子区域范围下限；将最终子区域网格化，通过傅里叶变换后的多个接收机的接受向量和网格中心点计算每个网格中心点对应的代价函数，将代价函数最大的网格的中心点作为干扰源位置的估计值。解决传统精度受限于参数估计精度和直接定位技术计算复杂度过高的问题。