本发明公开了一种基于FlexE的配电网差动保护业务混合组网方法及系统，属于电网组网技术领域，S1、建立基于FlexE设备的基础通讯网络区域；S2、通过蚁群算法建立区域相应通信模型；S3、基于蚁群算法模型获得的通信路径配置。本发明中，通过对组网区域内蚁群算法的调控实现相互通信节点最短延迟的灵活配置，可以保障承载网端到端的组网业务，可以实现组网节点内所有变电站和各级电力调度通信中心的设备的汇接处理，实现对各变电站节点信息业务的快速汇总定位，提高通信通道的可靠性，满足广域分布式差动保护应用需要，满足相对组网节点最优通信路径点的定位追溯，满足差动保护业务组网所需的即时性、自同步能力和保护性能。