本发明公开了一种烟支烟丝剔除装置及其控制方法，包括两个正对间隔设置的安装架，每个安装架从上往下均匀设置有一排烟支滚筒；两排正对的烟支滚筒之间构成竖向的烟支滚道；每个安装架的底部设有一个烟支仿形夹具，其夹持面的背部通过曲柄滑块机构与烟支滚道的下部连接；烟支仿形夹具的下方设有光电传感器，安装架在烟支仿形夹具夹持滤嘴的一端设有带第一电磁阀的第一气嘴；安装架在第一气嘴上方的位置设有带第二电磁阀的第二气嘴；第二气嘴朝向烟支仿形夹具上方的烟支滚道；伺服电机、步进电机、光电传感器、第一电磁阀和第二电磁阀均与PLC控制器电连接。利用本发明，可以自动化剔除烟支的烟丝，提高剔除质量和效率。