本发明公开一种Pd/HY分子筛的制备方法及其应用和在多级孔分子筛上选择性负载金属的方法。制备方法为：(1)将Pd源加入第一有机溶剂中，得到Pd的有机溶液；(2)对微介孔HY分子筛进行预处理；(3)取预处理后的微介孔HY分子筛加入水，搅拌，得到HY分子筛混合物；(4)将HY分子筛混合物与Pd的有机溶液混合，搅拌，静置，得到第一混合物；(5)将第一混合物进行旋转蒸发，得到第一固体；(6)将第一固体用第二有机溶剂洗涤，过滤干燥，得到第二固体；(7)将第二固体进行焙烧，得到Pd/HY分子筛。本发明采用双溶剂法制备了Pd/HY催化剂，通过改变水的含量来调控金属颗粒的落位、控制金属颗粒的粒径和分散度。本发明制备的Pd/HY催化剂在萘加氢饱和反应中表现出了高活性和十氢萘的高选择性，十氢萘收率可达98％以上。