本发明属于通信领域，公开了一种高速串行总线时钟补偿方法及系统，包括包括以下步骤：获取高速串行总线各通道的写入数据数量和读出数据数量，并根据写入数据数量和读出数据数量生成各通道的补偿申请；获取高速串行总线各通道的当前写入数据和当前读出数据，并根据当前写入数据和当前读出数据生成各通道的状态信号；根据各通道的状态信号以及补偿申请，生成各通道的补偿使能信号，并根据各通道的补偿使能信号对各通道进行预设的补偿操作。对多通道的各个输入时钟无相位要求，具有灵活的使用性，可应用于多种高速总线协议之中，解决多种高速总线物理层的多通道互联问题，并通过状态信号控制各通道的补偿操作，有效的提高电路传输的可靠性与正确性。