本发明公开了一种医药检测的高光谱双模成像系统及方法，包括第一光源、第二光源、高光谱相机、样品台、滑行组件、平面反射镜、匀光面板和控制装置，第一光源、匀光面板和高光谱相机从左至右依次设置，且三者的中心点在一条直线上，第一光源、匀光面板均位于样品台的左侧，高光谱相机位于样品台的右侧，第一光源、匀光面板和高光谱相机组成透射成像装置，平面反射镜和第二光源均按预设角度设置于样品台的上方，第二光源、平面反射镜和高光谱相机组成反射成像装置，高光谱相机可滑行地安装于滑行组件上，高光谱相机与控制装置连接，高光谱相机上设置有压缩感知模块，压缩感知模块采用预设的正则化正交匹配追踪重构算法。其结构简单且检测精准。