本发明公开一种桥区水域通航安全条件智能预报方法及系统，涉及水运交通技术领域，方法包括：获取桥区水域实时的自然因素数据；获取桥区水域未来12小时、未来24小时和未来48小时的气象数据；根据自然因素数据预测桥区水域未来12小时、未来24小时和未来48小时的水流流速；根据未来12小时的气象数据、未来24小时的气象数据、未来48小时的气象数据、未来12小时的水流流速、未来24小时的水流流速和未来48小时的水流流速预报桥区水域未来12小时、未来24小时和未来48小时的通航安全条件。本发明能够实现提前2天的通航安全条件智能预报，为监管部门提前采取通航安全保障措施提供支撑。