本发明公开了一种电子互感器的采集单元的受扰分析方法及系统，所述方法包括以下步骤：采集GIS系统开关操作产生的VFTC信号作为干扰源信号；将所述干扰源信号输入电子互感器的采集单元的简化电路，采用分级处理的方式分析获得每一级电路的输出，将输出与预设结果比较判断，获得判断结果；基于所述判断结果实现故障定位，完成采集单元的受扰分析。本发明基于电子互感器的采集单元的简化电路，具体提出了一种电子互感器的采集单元的传导干扰的分析方法，能够分析变电站内电子互感器的受干扰情况及失效原因。