本发明提出一种基于形式规则引导的地学知识图谱融合优化系统和方法，该系统包括包括：向知识图谱融合优化系统输入待完善的常规地学知识图谱数据单元、基于层级划分的形式引导规则单元、基于形式规则引导的知识图谱优化单元；该方法包括向知识图谱融合优化系统输入待完善的常规地学知识图谱数据；设置地学知识图谱的形式引导规则；形式规则引导的知识图谱优化：本发明减少计算所需空间和时间；更进一步的，本方法所设计的规则及算法逻辑，对于存在关系嵌套（互影响）的多组浅、中、深层知识进行多线路并行计算融合时，能够保证局部融合准确性，以及全局结构、知识完备及关键数据不受破坏。