本发明提供一种基于时序条件生成对抗网络的综合能源系统数据补偿方法，属于综合能源系统自动化技术领域，首先采集综合能源系统在一定运行时段内的生产过程数据作为原始的完备运行数据，并对完备运行数据进行缺失处理构建数据集，然后构建生成器和判别器生成对抗网络结构并进行训练，得到数据集的缺失样本补偿模型，利用缺失样本补偿模型对综合能源系统中的缺失数据进行精确补偿；本发明综合了LSTM对历史信息带有记忆功能的优势，CNN与BP的结合实现了从输入到输出的映射功能；构建混合损失函数从高维、低维多方面考虑，使补偿的数据更加真实；在网络训练时，针对电、热、气系统添加了物理约束，使补偿后的数据更符合综合能源系统的运行数据特点。