一种基于水凝胶包覆细菌聚集制氢的方法，属于生物产氢领域。本发明具体涉及一种利用海藻酸钠水凝胶模型将含有氢化酶的细菌聚集起来并应用于长期制氢的方法。本发明解决了两个关键性问题：一、发明了一种简单且通用的细菌聚集体制备方法；二、实现了含有氢化酶细菌的长期产氢。方法：一、希瓦氏菌聚集体的制备；二、大肠杆菌聚集体的制备；三、混合细菌聚集体的制备；四、聚集体的长时间产氢。本发明将海藻酸钠水凝胶的结构特点与含有氢化酶细菌的制氢能力相结合，制备出水凝胶细菌聚集体，并且，此聚集体具有制备简单、操作方便等优点。该细菌聚集体涉及到的细菌包括但不限于希瓦氏菌，大肠杆菌，含有氢化酶的其他细菌也可用于制备聚集体。