本发明公开了一种井眼轨迹电磁定位方法和系统，涉及井下探测领域。该方法包括：通过在目标井的井口注入电流激发磁场，在正钻井中接收所述磁场的磁场信号，根据所述磁场信号结合预设方法计算所述正钻井相对于所述目标井的目标位置信息，根据所述位置信息确定密集井网的井眼轨迹定位结果；其中，所述密集井网包括多个正钻井和多个目标井。通过本方案从目标井井口注入电流不影响目标井正常的生产过程，且探测距离远，井下探测装置用电缆传输信号，可以随钻具同步下入，实时探测正钻井与目标井的距离，解决大规模密集井网邻井相碰的问题。