本发明公开了一种双DPF再生控制方法、装置和发动机，该方法包括：分别将DPF1和DPF2作为当前DPF，根据废气质量流量、当前DPF的上游温度测量值、DPF上游lambda值、当前DPF的模型碳烟质量的滞环反馈值确定当前DPF被O2氧化的碳烟质量流量；根据NOx质量流量、当前DOC的空速、DOC上游温度、当前DPF的模型碳烟质量的滞环反馈值、当前DPF的空速、当前DPF的上游温度测量值、NO2与碳烟化学反应的系数确定当前DPF被NO2氧化的碳烟质量流量；根据发动机产生的碳烟质量流量、当前DPF被O2氧化的碳烟质量流量和当前DPF被NO2氧化的碳烟质量流量确定当前DPF的模型碳烟质量；根据DPF1和DPF2的模型碳烟质量控制DPF1和DPF2进行再生，从而提高了对双DPF进行再生的可靠性。