本发明公开了一种衍生化‑气相色谱‑质谱方法分析烟草根系中烟酸的方法，包括以下步骤：将内标物质与提取溶剂加入到烟草根系样品中获取提取溶液；依次加入甲醇与HCl活化固相萃取柱，活化后缓慢加入提取溶液，并依次加入HCl和甲醇淋洗，氨水甲醇溶液洗脱，氮气吹干得到净化的烟酸；向净化的烟酸中加入丙酮与衍生化试剂，加入缓冲溶液后混匀后进行五氟溴苄衍生化；加入水与萃取溶剂，涡旋混匀并加入NaCl，再次涡旋使NaCl完全溶解，离心后取沉淀相于微量色谱瓶中；采用气相色谱‑质谱‑选择性离子扫描的方式对产物进行分离与定量。本发明可以解决现有技术检测烟酸存在的灵敏度相对较低，专一性与重复性较差、基质效应较高的技术问题。