本发明公开了一种基于异构信息网络和深度学习的NQI服务推荐方法及系统，方法包括：划分训练集和测试集，抽取负样本完善训练集，根据训练集构建NQI服务异构信息网络；遍历预设元路径和元结构的相关节点，根据元路径或元结构的交换矩阵计算相似度矩阵；构建NQI服务推荐模型，采用第一多层感知机神经网络对相似度矩阵进行潜在特征提取后，采用第二多层感知机神经网络对潜在特征的相关性进行学习，最后进行用户和NQI服务交互概率预测；将每个相似度矩阵输入构建好的NQI服务推荐模型训练得到最优模型；在测试集中选取用户和NQI服务，输入最优模型，根据预测结果将NQI服务推荐给用户。本发明具有较好的推荐效果。