本发明涉及一种并联电抗器匝间保护方法及装置，该保护方法通过采集并联电抗器首端的三相电流和三相电压，并分别计算三相电流的相电流有效值、自产零序电流、自产零序电压以及零序测量阻抗，比较所述计算的各电参量之间的关系，并根据比较结果判断发生的故障类型以及采取相应的保护措施。本发明提供的技术方案，针对并联电抗器在系统非全相运行工况下的保护，不仅可以保证系统非全相运行时，匝间保护可靠不误动；对于系统非全相运行，并联电抗器发生区内故障时，也可以可靠动作，提高了并联电抗器匝间保护的可靠性。