本发明涉及一种基于乳腺和肿瘤分割的BPE自动化提取方法和系统，方法包括获取乳腺动态增强MRI图像数据；将MRI图像数据输入至第一神经网络中对影像中的乳腺进行分割，得到乳腺区域；将乳腺区域输入至第二神经网络中对乳腺区域中的肿瘤进行分割，得到肿瘤区域；在乳腺区域中，通过自适应阈值算法提取纤维腺体作为BPE候选区域；排除BPE候选区域中和肿瘤区域发生重叠的区域，得到BPE区域。与现有技术相比，本发明具有处理速度快、识别精度高等优点。