本申请涉及一种盖玻片吸片装置及其控制方法，涉及封片机技术领域，包括机架、滑动设置于机架上的滑座、设置于滑座下方的载物盒，载物盒用于盛装盖玻片，滑座上设有封片头，封片头上设有吸附盖玻片的吸附装置，机架上设有驱动滑座沿竖直方向滑移的驱动件一，封片头的底壁设有检测盖玻片是否粘连和破损的检测传感器；控制方法包括以下步骤：封片头下滑出发行程传感器、吸附盖玻片、盖玻片检测、单吸附盖玻片、取走载物盒、盖上盖玻片；本申请通过设置检测传感器和控制方法，以检测出吸附装置吸附的单张完整的盖玻片，吸盘一和吸盘二的吸附和释放模拟人手操作，实现盖玻片的自动覆盖，从而具有提高制备样品玻片质量的优点。