本发明公开了一种菌种协同外源酶生产全麦酸面团发酵剂的方法，包括以下步骤：（1）乳酸菌和酵母菌发酵菌种的活化培养；（2）菌悬液的离心沉淀，制备发酵菌泥；（3）将一定量的菌泥沉淀、水及外源酶混合后制备全麦粉发酵面糊；（4）在发酵后，再次添加无菌生理盐水和菌种保护液后进行匀浆；（5）匀浆后对全麦发酵面糊进行低温喷雾干燥；（6）收集全麦发酵酸面团菌粉进行包装。本发明制备的全麦酸面团发酵剂经长时间储存后，仍具有较高的活菌数和酶活性，增加了储存稳定性，后经本发明发酵生产的全麦制品，其可溶性阿拉伯木聚糖含量提高，抗氧化性和全麦产品矿物质离子吸收能力明显增强，营养价值、质构和感官品质得到显著改善。