本发明公开了一种磁悬浮分子泵的双转向变步长振动抑制方法，通过采集磁悬浮分子泵转子的可调相角，以及在不平衡振动状态下的转子转速和同频信号，构建磁悬浮分子泵转子在不平衡振动状态下的状态空间方程；根据磁悬浮分子泵转子在不平衡振动状态下的不平衡量矩阵，构建用于抑制不平衡振动状态的传递函数模型，其中，函数模型用于对磁悬浮分子泵转子在不平衡振动状态下的同频信号进行抑制；本发明还公开了一种双转向变步长振动抑制系统，包括用于实现振动抑制方法的抑制模块以及与抑制模块并联连接的控制器、功率放大器、传感器等，本发明提高了不平衡振动抑制方法在高转速下的响应速度，为磁轴承控制技术提供了新的技术思路。