本发明公布双北斗卫星同步时钟系统及方法，包括北斗天线、功分器和双北斗同步时钟设备，所述北斗天线与功分器相连接，所述功分器与双北斗同步时钟设备相连接，所述北斗天线用于接收卫星信号，所述功分器将接收到的卫星信号分为两路北斗信号，将得到的两路北斗信号作为参考源信号，与IRIGB电力时钟信号同时传入双北斗同步时钟设备，所述双北斗同步时钟设备用于对输入的IRIGB电力时钟信号的偏差进行纠正补偿，降低偏差值后进行输出。本发明解决了国内现有电网时间同步系统过度依赖GPS系统的技术现状，提高了电网时间同步系统的安全性和可靠性。