本申请提供了一种FPGA硬件加速阵列升级方法及系统，系统，包括：云端数据中心、至少一个终端设备。云端数据中心用于存储至少一个硬件加速程序；根据硬件加速程序，发送至少一个升级指令至所述终端设备。终端设备用于接收云端数据中心发送的升级指令，响应于升级指令将FPGA升级程序加载至待升级的FPGA芯片，以完成对FPGA芯片升级任务。本申请通过识别终端设备中每颗FPGA芯片的ID，控制模块根据FPGA芯片的ID切换升级通道，实现对硬件加速阵列中每颗FPGA芯片升级。