本发明涉及一种无人船测绘航行系统及其控制方法，其系统包括定位模块、决策控制单元、运动控制单元、环境感知单元、海事雷达、激光雷达和毫米波雷达；所述定位模块接收导航设备数据，获取无人船的位姿状态，位姿状态包括所述无人船的经纬度、高度、航速、航向和转向率；所述决策控制单元根据计划线、定位信息以及感知的水岸分界线信息，规划目标轨迹，并传输至所述运动控制单元。本发明能有效降低无人船测绘航行中的撞岸、搁浅风险，切能提高无人船测绘工作效率。