本发明公开了一种风光容量未知情况下的微电网配置方法及系统，首先在配置问题中在容量约束内随机选取一组风光容量初始值，在功率分频点约束范围内随机选取一个分频点，建立风机、光伏机组、柴油机以及储能的出力模型，然后在运行问题建立以规划周期内微电网总成本最小为目标的配置模型，利用离散傅里叶变换法对规划周期内的不平衡功率进行频谱分析，确定混合储能和柴油机出力，通过混合整数非线性规划确定各微源的配置并将结果传到配置问题中，最后利用遗传算法搜索微电网容量配置的最优解。本发明能够实现对微电网系统中各微源进行优化配置，使微电网的运行成本最小，且实现最终优化结果快速收敛达到全局最优。