本发明公开了一种酸性废水处理系统及处理方法，酸性废水处理系统包括臭氧微纳气泡发生装置、微纳气泡反应塔和加药装置；所述臭氧微纳气泡发生装置与微纳气泡反应塔连接，所述臭氧微纳气泡发生装置与用于供入酸性废水的进水管道连接；所述加药装置的第一出药端与所述进水管道连接，用于向所述进水管道加入pH调节剂，所述加药装置的第二出药端与所述微纳气泡反应塔连接，用于向所述微纳气泡反应塔加入活性药剂。本发明通过向酸性废水中投加pH调节剂使其转换为中碱性后再通入臭氧微纳气泡发生装置和微纳气泡反应塔中，还向微纳气泡反应塔中通入活性药剂，使酸性废水在臭氧微纳气泡和活性药剂的作用下被充分处理，而且大大提高了臭氧的利用率。