本发明公开了一种酶法制备结构脂的方法，属于油脂技术领域。本发明首先利用原料油和乙醇在脂肪酶作用下进行醇解反应，反应结束后除去脂肪酶及杂质，并进行溶剂结晶，得到sn‑2位富含棕榈酸的甘油一酯，sn‑2位棕榈酸甘油一酯和脂肪基酰基供体按照摩尔比1:3～1:12称取，加入sn‑1,3专一性脂肪酶，并使所述反应体系在50℃～70℃下反应，进而获得UPU。本发明提供了一种高产量、高纯度UPU合成方法，避免了传统制备UPU过程中原料消耗大、生产成本高、副产物多纯化复杂等弊端，具有一定发展潜力。