本发明属于燃料电池技术领域，具体的说是一种具有补偿功能的燃料电池端板结构，包括电池端板；所述电池端板上开设有多组堆叠定位孔；所述电池端板上开设有多组深凹槽；所述电池端板上开设有多组浅凹槽；所述电池端板上开设有多组端板螺栓孔；多组所述深凹槽内部固接有软质波纹弹簧；多组所述浅凹槽内部固接有硬质波纹弹簧；所述端板螺栓孔内部滑动连接有固定柱；所述固定柱侧壁开设有一号滑槽；所述一号滑槽内部滑动连接有限位推杆；一对所述限位推杆之间通过一号弹簧进行连接；通过在特殊设计的燃料电池电池端板结构，可以减小电堆内单电池平面方向受力不均匀，电池法向挠曲的问题。