本发明公开的一种燃料电池汽车与加氢枪之间的双向交互控制系统及方法，包括所述车辆端子系统包括燃料电池控制单元、氢气管理单元、车载储氢瓶、红外模块控制器和加氢口总成；所述加氢机端子系统包括加氢枪和加氢机；所述氢气管理单元与燃料电池控制单元连接，所述车载储氢瓶与氢气管理单元连接；所述红外模块控制器分别与燃料电池控制单元、加氢口总成和加氢枪连接；所述加氢口总成与车载储氢瓶相连接；所述加氢枪分别与加氢口总成和燃料电池控制单元相连接；所述加氢机与加氢枪相连接。本发明实现了汽车与加氢枪之间的双向通信和交互控制。