本发明涉及土壤菌技术领域，且公开了一种土壤菌筛选分离方法，包括以下步骤：S1：土壤采样，采集杜仲林下的腐殖质土，然后备用；S2：富集培养，将取自杜仲林下的土壤分别加入PDA和NA培养基中富集真菌和细菌，37℃细菌和55℃嗜热菌每3d一次，共富集3次，真菌则每10d一次，共富集3次。本发明通过平板涂布法将菌进行分离，然后挑取生长速度快、菌落数量占优势的菌种接种能够快速对菌落进行分离，方便后面的筛选确认，通过把菌液稀释涂布于果胶琼脂培养基和纤维素琼脂培养基上，按照菌落的生长情况进行结果记录，能够清楚的了解不同的菌落在培养基上的生长情况，从而快速进行筛选适合的菌株。