本发明公开了一种粗生物柴油切割精馏脱硫精制耦合加氢脱硫制备二代生物柴油的方法。该方法，包括如下步骤：(1)将粗生物柴油加入到精馏釜中，先对粗生物柴油中的低沸点轻馏分进行脱除，再升高精馏塔塔顶温度，将中间馏分从精馏塔塔顶精馏出来，得到硫含量低于10ppm的精制生物柴油，高沸点重馏分留在精馏釜底部；(2)将低沸点轻馏分和高沸点重馏分加入加氢反应器中进行反应转化为二代生物柴油。本方法将生物柴油中的硫脱至小于10ppm，甚至小于5ppm，且避免生物柴油化学结构破坏和降低加氢脱硫成本，该方法依据生物柴油自身理化性质特点而开发的适合生物柴油脱硫的新工艺，对清洁生物柴油的开发、环境的保护以及产业链的发展具有重要意义。