本发明公开了一种多星敏感器在轨热变形修正方法以及存储介质和电子设备，该方法包括：确定其余星敏感器相对于第一星敏感器的姿态关系矩阵和地面主光轴夹角；提取星敏感器在各自测量坐标系中的主光轴矢量；将其余星敏感器各自测量坐标系中的主光轴矢量转换至第一星敏感器测量坐标系，并确定主光轴矢量夹角；根据主光轴矢量夹角、地面主光轴夹角、主光轴矢量，确定热变形修正实时矩阵；其余星敏感器通过相应的姿态关系矩阵和热变形修正实时矩阵将各自测量坐标系下的恒星星光矢量投影至第一星敏感器测量坐标系，进行三轴姿态解算。本发明可实现共基准面安装平台的热变形的在轨测量，并具有较高的普适性。