本发明涉及编码器测试技术领域，公开了一种编码器转速波动性测试系统及方法。该系统包括：伺服驱动器、伺服电机、待测编码器、差分转单端模块、数据采集卡、测试装置；所述待测编码器安装在所述伺服电机上；所述待测编码器与所述差分转单端模块信号连接；所述数据采集卡分别与所述差分转单端模块、所述测试装置信号连接；所述测试装置用于基于所述待测编码器产生的脉冲信号，对所述待测编码器进行转速波动性测试。本发明提供的编码器转速波动性测试系统，结构简单、操作方便，显著降低了编码器转速波动性测试的成本。