本发明公开了高产表面活性素的贝莱斯芽孢杆菌突变株及其构建方法和应用，所述贝莱斯芽孢杆菌突变株以贝莱斯芽孢杆菌HCK2为出发菌株，利用同源重组原理，敲除或者失活贝莱斯芽孢杆菌HCK2基因组中负调控RapF、SerA基因所得。本发明构建的单基因敲除突变株ΔSerA、ΔRapF和双基因突变株ΔRapF+SerA在发酵条件下用于高效生产表面活性素产量，其中RapF+SerA突变株在优化的培养基和发酵条件下用于生产表面活性素产量是贝莱斯芽孢杆菌HCK2的5倍，在5L发酵罐40‑50h可稳定生产表面活性素约16.5g/L。该表面活性素高产基因突变株及其构建方法为加速表面活性素的产业化提供原材料。