本发明提供了一种基于图卷积神经网络的站点定量降水预报方法和系统，包括：以目标区域内的所有站点为顶点，以站点之间的相似性为权重，构建目标区域内站点的带权向图；目标区域为待预报站点所在区域；基于对带权向图的图卷积操作，构建扩散卷积层；将扩散卷积层嵌入到预设门控循环神经网络，构建扩散卷积门控循环单元；基于扩散卷积门控循环单元，构建目标神经网络；目标神经网络包括循环神经网络层；循环神经网络层包括扩散卷积门控循环单元；利用目标神经网络对待预报站点进行定量降水预报。本发明缓解了现有技术中存在的因忽略降水的空间依赖性而导致的预报不准确的技术问题。