本发明公开了一种智能船舶自动控制系统，涉及智能船舶技术领域。所述控制系统包括数据采集和分类汇总模块、分组交互离散数据模块和智能控制器；数据采集和分类汇总模块采集船舶的航行动力数据并兼容获取船舶的辅助动力需求数据及其他数据；数据采集和分类汇总模块所汇集的数据经过分组交互离散数据模块进行数据构建形成便于智能控制器调取和处理的交互数据库范式，智能控制器基于对交互数据库组的数据处理，进行船舶航行的自动化智能化控制并作为船舶控制后端应用的数据信源。本发明所述系统从底层上构建了面向船舶控制功能需求的全新有价信息处理方法，且能够作为底层技术为诸多船舶控制功能模块提供技术信息。