本发明公开了一种高隔离度电动波导开关，包括柱状波导定子，沿波导定子顶面向下开设有圆柱形盲孔，波导定子的周面上间隔分布有四个波导口，盲孔与每个波导口之间均开设有微波传输通道；波导转子包括沿盲孔轴向设置的挡板，挡板的顶端设置有顶隔板、底端设置有底隔板；顶隔板的外周和底隔板的外周均间隔设置有若干个竖向扼流槽；挡板的两侧端分别设置有若干个环形扼流槽；顶隔板的上方连接有用于驱动波导转子沿其轴线转动的动力机构；本发明通过在波导转子上分别设置竖向扼流槽和环形扼流槽可以实现波导传输的电接触，进而提高该波导开关的隔离度。