同塔四回输电线路三相不平衡最优相序筛选方法及系统，该方法包括，遍历输出四个回路所有相序下的三相电源信号；根据某一相序下三相电源信号，得到该回路该相序下的单回路负序不平衡度和单回路零序不平衡度；计算同塔四回输电线路的加权负序不平衡度和加权零序不平衡度，并进行综合判断；筛选出综合不平衡度函数值最低的相序，作为最优相序；该系统包括相序控制模块、不平衡度计算模块、加权计算模块和筛选输出模块；本发明实现了算1296种相序的自动切换；综合各回路负序不平衡度和零序不平衡度计算并保存了所有相序的不平衡度，实现了最优相序的筛选。