本发明公开了一种基于甲基化的肿瘤数据分析系统，包括：数据采集模块，用于采集肿瘤原始数据；数据处理模块，与数据采集模块连接，用于对肿瘤原始数据进行预处理，获得目标肿瘤数据；模型构建模块，与数据处理模块连接，用于构建甲基化加权基因调控网络，识别甲基化加权基因调控网络的基因模块；数据分析模块，分别与数据处理模块和模型构建模块连接，用于基于基因模块和目标肿瘤数据进行分析，获得分析结果。本发明能够精确确定关键DNA甲基化位点，为肿瘤甲基化水平机制的研究提供新的理论支撑。