本申请属于机载通信技术领域，特别涉及一种飞机密钥综合管理方法及系统。该方法包括：步骤S1、基于无线网获取携带有密钥的射频信号；步骤S2、对所述射频信号进行模数转换；步骤S3、基于预定的协议处理方式，解析模数转换后的数据，获得密钥；步骤S4、根据密钥种类与设备ID的关联关系，确定所述密钥对应的机载设备；步骤S5、通过485总线将所述密钥发送至对应的机载设备上。本申请的密钥综合管理设备，统一机上通信系统密钥注入接口，实现了密钥注入和分发的统一管理，本申请支持多架机无线同时加密，实现密钥集中管理，大大减轻了机要人员工作量，提高了飞机任务出动效率。