本发明涉及一种燃料电池阳极水管理系统及其控制方法。水管理系统中的氢气循环系统，串设有分水器、氢气循环装置和分水支路，分水支路联通电堆出口和分水器入口，氢气循环系统中还包括不分水支路，所述不分水联通电堆出口和分水器气体出口；本发明利用采集的信息，控制三通阀的开度，调节经过分水器和不经过分水器的比例，控制回流至电堆的氢气的湿度，进而电堆内部的水含量，使其维持在合适的湿度区间，保证电堆的正常运行。系统结构简单，控制相对更加容易实现。