本发明公开的一种高安全风险机械设备安全防护方法及系统，包括：步骤1，选择设备的模式；步骤2，若模式为操作人员修改模式，则进入步骤3；若模式为正常模式，则进入步骤4；若模式为维修模式，则进入步骤3；步骤3，对操作人员进行身份验证，若识别出操作人员为预设安全员，则接收操作人员所输入的人员调整信息，若识别出操作人员为非预设安全员，则进入步骤4；步骤4,对操作人员进行身份验证，若未通过，设备待机锁止；若通过，则对操作人员进行后台验证，若通过，启动设备，若未通过，设备待机锁止；步骤5，对操作人员进行身份验证，若通过，设备锁止进入维修模式，若未通过，进入步骤4。本发明确保了设备运行时操作人员的人身安全。